ERP系统在结构上以企业组织的其他系统为基础，并且与它们互联;而PDM系统是构建在企业组织的基础设施环境之上，这个基础结构支持企业组织快速改变工程计算环境。从系统的应用上看，PDM与ERP之间的差异主要表现在以下几个方面：
1.捕获产品定义数据
PDM系统首要且最重要的功能就是捕获和共享任何形式的产品定义数据。该功能的作用贯穿于整个企业之中，从产品设计生命周期的早期阶段就开始发挥作用，而这种关键能力在ERP系统中却并不能得到充分地展示。
2.有效捕获工程数据
PDM系统通常提供应用程序界面(API)开发工具箱，以便能为多种设计、制造、分析软件建立应用接口。这一独特的连接工具使系统集成工程师几乎可以用户化所有 PDM功能以满足对特定软件设计工具的特定数据实施管理的要求。与此相反，现有的 ERP系统却不易进行用户化。
3.对共享数据的访问
一旦工程数据登记注册到一个PDM系统中，我们怎样才能做到在不影响其安全性的前提下对它进行数据共享?一个具有优秀体系结构的PDM系统能够利用“电子数据仓库”来保护和存储工程数据。电子数据仓库可能由一个或多个“仓库位置”构成，它们分布在整个异构的网络计算环境中。储存在“电子仓库”中的工程数据根据PDM系统的使用规则，可以被授权用户访问。而ERP系统在产品定义数据共享方面的能力是有限的。
4.产品结构和产品定义数据
在许多企业中，产品结构规划是从设计部门编写工程零部件清单开始的。工程部件清单通过手工输入到ERP系统并且作为创建按计划的视图(As Planned)材料明细表 (BOM)的起始点。而创建按计划的视图来确定材料明细表是通过修改工程部件清单实现的，并且与其他计划信息一起来平衡生产需求与现有机器设备、材料以及可直接使用的劳动力资源之间的关系。
现代PDM系统已经能够实现产品结构功能，它不仅能够代替传统的工程部件清单，而且提供了一个易于使用的图形界面，让用户可以方便地定位和使用产品定义数据。比较先进的PDM系统都采用了面向对象的数据管理工具，这样就能将产品定义数据与产品结构部件、子装配、装配联系起来。用户能够利用导航工具，沿图形化的产品结构树来确定感兴趣部件的位置，并在此基础上展开描述该部件的产品定义数据。
5.PDM控制的更改管理
ERP系统从产品计划视图的角度更改管理，一旦更改的细节通过了设计过程，并且更改对制造过程的影响也已清楚，制造计划安排过程就将在ERP系统中重新运行以决定在需求、存货清单、资源可利用性、部件替代等方面需进行的更改。
然而，PDM系统在更改控制和审批过程方面则是从完全不同的角度出发。PDM的更改控制功能可以跟踪更改处理全过程：从更改提出之时起，贯穿所有受到影响的职能部门，直到更改在生产车间得到实施。PDM工作流确保合适的人员执行必要的任务并且负责通知到所有受影响的部门。当工程师接到一个处理设计更改的任务时，他将通过数据库的关系导航找到受影响的产品结构对象和设计数据。使用PDM概念处理更改控制的另一个优点是能够保留版本的更改历史信息。如果一个产品被修改，对产品结构的部件所做修改的历史记录将保存在PDM系统中。他就可以利用数据库的关系导航功能找到曾经执行过的修改指令和数据对象。
6.配置管理
在产品结构领域和产品配置管理中，ERP系统和PDM系统功能之间的重叠表现得尤为突出。所有企业都会同时使用产品结构的多个视图，这就是产品配置管理的概念。通常，多数企业至少会有三类视图：按设计的视图(As Designed)、按生产计划的视图(AsPlanned)以及按制造的视图(As Built)。产品结构视图可以看成是对同一产品的部件以不同方式观察的结果。ERP系统因为面向生产计划，所以是按生产计划的视图管理产品配置;而PDM系统则认为在考虑多个设计方案时，对配置管理的要求是从产品计划阶段的早期就开始了。从概念设计到按制造视图管理的各阶段，PDM产品正在不断提升对包含产品配置的产品结构视图的利用效率。在产品设计的整个生命周期中，虽然产品结构有可能按各式各样视图进行重新配置，但产品零部件对象仍然与那些定义它们的数据保持连接关系。这就是PDM视图处理配置管理的最主要优点。
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